La Contraloría hace control, vigilancia fiscal y audita con regularidad a los entes objeto de control fiscal para determinar la idoneidad de estos en el cumplimiento de las funciones que la Constitución o el Estado les ha atribuido. El resultado de estas auditorías evidencia en sus resultados la necesidad o no, de aplicar correctivos o de accionar el respectivo proceso legal.
La CGR debe velar por el buen manejo del patrimonio y las finanzas públicas, advirtiendo sobre los riesgos que se puedan presentar, registrando la deuda y llegando a sanciones fiscales con el fin de recuperar recursos del erario. También audita el balance de la Nación y el reporte de estado de los recursos públicos.
El artículo 119 de la Constitución Política define que la Contraloría General de la República tiene a su cargo la vigilancia de la gestión y el control fiscal de resultado de la administración y también debe cumplir las funciones establecidas en el decreto 267 de 2000.
Posteriormente y de manera selectiva en orden con los procedimientos, sistemas y principios establecidos por la ley, esta vigilancia podrá hacerse inclusive sobre empresas privadas escogidas en concurso público de méritos, que hayan sido contratadas previo concepto del Consejo de Estado.
La Contraloría además hace control excepcional, concurrente, prevalente.
Con base en la Constitución y la ley que faculta a los organismos de control fiscal para vincular a la comunidad a su gestión, la Contraloría General de la República ha implementado una nueva concepción del control ciudadano a lo público en el cual el ciudadano es actor y partícipe directo en la vigilancia de los recursos públicos y de la gestión pública